La Academia Nacional de Ciencias fue fundada el 6 de agosto de 1938 por un grupo de 35 distinguidos científicos peruanos, originalmente con el nombre “Academia Nacional de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales de Lima”, para promocionar la investigación científica y la difusión del conocimiento científico.
Se fundó nombrándose presidente a Godofredo García, y fue inicialmente integrada por Carlos G.Lissón, Jorge Broggi, Alfred Rosenblatt, Fortunato Herrera, Oscar Soto, Augusto Weberbauer, Enrique Gamarra Hernández, Juan B. Lastres, Luis E. Valcárcel, Pedro Villar y Córdova, Pedro Weiss, Alberto Guzmán Barrón, Carlos Gutiérrez Noriega, Oscar Trelles, Enrique Encinas, Benjamín Mostajo, Carlos Morales Macedo, Alberto Hurtado Abadía, Telémaco Battistini, Raul Rebagliati, Carlos Monge, Alberto Barton, Carlos Villarán, Cristóbal de Losada y Puga, Andrés Echegaray G., Manuel Carranza, Paul Bonner, Humberto Solari, Luis Pro y Castillo, Emmanuel Pozzi- Escot, Otto Welter y Bernard Boit.
En 1939 fue reconocido por el Gobierno del Perú por un Decreto Supremo y en 1966, con otro Decreto Supremo, cambió el nombre a “Academia Nacional de Ciencias”.